L'Arxiu Comarcal de l'Alt Empordà (ACAE) està integrat a la Xarxa d'Arxius Comarcals de la Generalitat de Catalunya, i la seva creació va ser acordada pel conveni signat el 31 de gener de 1984 entre el Departament de Cultura de la Generalitat de Catalunya i l'Ajuntament de Figueres, el qual col·labora en el seu manteniment. El Consell Comarcal de l'Alt Empordà en té delegada la gestió des de la seva creació.
La inauguració oficial va tenir lloc el dia 16 de febrer de 1991 amb l'assistència del president de la Generalitat. Està instal·lat a l'ala oest de l'antic escorxador municipal, edifici construït l'any 1907 per l'arquitecte modernista Josep Azemar.
L'ACAE té com a principal objectiu la conservació, la protecció i la difusió del patrimoni documental, tant públic com privat, de l'Alt Empordà. El 31 de desembre de 2014 l'Arxiu custodia 1.654 m.l. de documentació, que va des del segle XI fins a l'actualitat. Cal assenyalar els nombrosos fons d'institucions i associacions, els protocols notarials del segle XIX, fons judicials i d'algunes empreses i fons patrimonials. Compta també amb una extensa informació del patrimoni documental de la comarca.